Struktur kelembagaan MEC RAKUS Makassar diatur dalam Anggaran Dasar MEC RAKUS Makassar. BAB III Pasal 6 Anggaran Dasar tersebut menyatakan bahwa MEC RAKUS Makassar terdiri atas:

1.     Majelis Pertimbangan Lembaga (MPL)

2.      Pengurus Harian

       a.  Pengurus Inti

       b.  Bidang Akademik

       c.  Bidang Pembinaan dan Pengaderan

       d.  Bidang Informasi dan Komunikasi

       e.  Bidang Minat dan Bakat

       f.  Bidang Kerohanian

3.      Lembaga semi otonom

       Lembaga semi otonom bernama "MERPALA (MEC RAKUS Pencinta Alam)"

4.      Anggota